In anul 2009 tensiunile politice de pe mapamond ajung la apogeu in clipa in care un avion comercial este doborat de o racheta americana undeva deasupra Europei de Est, ucigandu-i pe toti cei aflati la bord. Guvernul american neaga orice implicare si il insarcineaza pe agentul Michael Thorton sa investigheze cazul si sa-i aduca pe cei responsabili in fata justitiei.

Fiind un joc RPG modern de spionaj, Alpha Protocol ofera un control fara precedent asupra dezvoltarii abilitatilor lui Thorton si asupra interactiunii acestuia cu celelalte caractere. Abilitatile sale de lupta, de utilizare a armelor si a tehnologiei de ultima ora sunt completate chiar de seductie, pe masura ce avansati in experienta si aduceti la bun sfarsit din ce in ce mai multe misiuni.

Spionul pe care il impersonati poate fi dezvoltat multilateral, invatandu-l tehnici avansate de lupta la apropiere, sa tinteasca letal, posibilitatea de a folosi gadget-uri specializate de spionaj de ultima ora si multe altele. De-a lungul jocului va trebui sa luati multe decizii, dar niciuna dintre ele nu se inscrie in clasicul "buna - rea" ci veti schimba in mod constat modul in care se desfasoara jocul, in functie de hotararile luate.

Jocul beneficiaza de un sistem de interactiune revolutionar, numit "ripple effect" prin care interactionati atat cu aliatii cat si cu inamicii intr-o varietate de feluri. Avand in vedere de catre cine este dezvoltatorul jocului - studioul Obsidian, a carui fondatori au dezvoltat jocuri precum KOTOR II, Neverwinter Nights 2, Baldur's Gate, Planescape Torment si Fallout - Alpha Protocol este garantat un joc ce va tine lipit de ecran pentru un lung timp.